Des chercheurs du Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC), à Winnipeg, travaillent à l'élaboration d'un test rapide, très précis et peu coûteux qui permet de déterminer si une personne est infectée par le virus de la COVID-19, ce qui est essentiel pour contrôler sa propagation.
Les personnes testées positives à la COVID-19 peuvent être isolées, et les autorités responsables de la santé publique peuvent ensuite recenser leurs contacts étroits et veiller à ce qu'ils s'isolent, surveillent l'apparition de symptômes et subissent eux-mêmes un test de dépistage.
Le dépistage aide aussi les responsables de la santé publique à suivre la propagation du virus, et à étayer les interventions de lutte anti-COVID-19.
Vitesse et fiabilité
Pour être aussi efficaces que possible, les tests doivent être rapides et fiables. Un dépistage rapide permet aux responsables de la santé publique de prendre plus rapidement les mesures requises pour limiter la propagation de l'infection.
« À l'heure actuelle, explique Jim Strong, chercheur scientifique principal au Laboratoire national de microbiologie de l'ASPC, lorsqu'il s'agit de dépister un virus comme celui de la COVID-19, nous sommes contraints de choisir entre vitesse et fiabilité ».
« Le test le plus rapide disponible utilise l'amplification en chaîne par polymérase (PCR), explique M. Strong. Cependant, comme ce test exige des équipements spécialisés et l'intervention directe d'un spécialiste, 24 heures ou plus peuvent s'écouler avant que les résultats soient disponibles. Il existe par ailleurs un test qui donne des résultats en 15 minutes, mais sa fiabilité laisse à désirer, en particulier pour le dépistage aux stades précoces de l'infection ».
Dans un effort pour conjuguer vitesse et fiabilité, M. Strong et un biologiste de l'ASPC, Alex Bello, collaborent avec des chercheurs de l'Agence canadienne d'inspection des aliments à la mise au point d'un test de dépistage de la COVID-19 fondé sur la technologie CRISPR.
L'avantage CRISPR
Les « courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées » (CRISPR) désignent ce que l'on pourrait appeler le système immunitaire des bactéries, explique M. Bello. Lorsqu'une bactérie entre en contact avec un virus ou un autre agent pathogène, elle intègre une portion de l'ARN ou de l'ADN de cet agent pathogène dans son propre génome. Ainsi, lors d'un contact ultérieur, elle sera en mesure de reconnaître cette séquence d'ARN ou d'ADN et d'activer une enzyme qui la découpera pour en réduire ainsi l'infectiosité ».
Comme ces enzymes peuvent être « programmées » pour reconnaître et découper des séquences d'ADN précises dans toutes sortes d'organismes, y compris les humains, la technologie CRISPR est considérée comme un outil d'édition génétique qui est facile à utiliser et fiable.
Avant la pandémie de COVID-19, grâce à l'aide financière de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG), les chercheurs de l'ASPC utilisaient la technologie CRISPR pour mettre au point un test d'identification du virus Ebola. Avec l'avènement de la COVID-19, l'IRDG a rapidement approuvé la demande des chercheurs de consacrer des ressources à la mise au point d'un test de dépistage de la COVID-19 basé sur cette technologie.
Procédure
« La technologie CRISPR permet de programmer la reconnaissance, par une enzyme bactérienne particulière, de l'acide nucléique de la COVID-19. Cette enzyme s'active alors et découpe l'acide nucléique viral, explique M. Strong. Le test que nous nous employons à mettre au point nous permettra de déceler cette réaction ».
« Ce test s'appuie sur la génomique et sur d'autres principes scientifiques complexes, mais il ne devrait exiger ni équipements spéciaux ni compétences particulières, précise M. Strong. Nous souhaitons n'utiliser qu'un seul tube, dans lequel il suffira de déposer un échantillon de sang ou de salive. Il suffira ensuite de quelques minutes pour obtenir le résultat, un peu comme avec un test de grossesse à faire soi-même. »
Une méthode révolutionnaire
Le Dr Duane Funk, professeur agrégé d'anesthésiologie et de médecine de soins intensifs à l'Université du Manitoba, déclare que le test basé sur la technologie CRISPR en cours d'élaboration par MM. Strong et Bello révolutionnera le diagnostic des agents pathogènes.
Ce test à la fois rapide, fiable et facile à utiliser, et donc idéal sur le terrain, pourrait selon le Dr Funk être adapté au dépistage d'autres agents pathogènes, voire de plusieurs à la fois. « L'infection peut s'étendre très rapidement et submerger les défenses de l'organisme, explique-t-il. Cette technologie pourrait permettre de déceler la présence de toute une série d'agents pathogènes à l'aide d'un test unique. En quelques minutes, les médecins sauraient à quoi s'en tenir, choisiraient le plan d'action le plus approprié et seraient en mesure de commencer le traitement immédiatement, au lieu d'attendre des heures, voire des jours, pour obtenir les résultats des tests conventionnels ».
Rapide, sensible, fiable et accessible
Bien qu'il soit encore en cours de perfectionnement en laboratoire, le test basé sur la technologie CRISPR fournit déjà des résultats en 30 minutes environ. Il est très sensible — capable de détecter le virus responsable de la COVID-19 en très petites concentrations — et aussi précis que le test PCR. Il devrait également être très accessible, à un coût d'environ un dollar l'unité.