Accélérer le rythme de l'innovation dans l'industrie fruitière canadienne

Préserver la compétitivité et gérer le risque

Pour maintenir le caractère concurrentiel de leurs activités sur les marchés internationaux, les fruiticulteurs canadiens doivent constamment accroître la qualité et la taille de leurs récoltes. Leur quête d'innovation les amène souvent à importer de nouvelles variétés de végétaux, ce qui expose leurs cultures à des risques de maladies pouvant avoir des conséquences graves sur l'industrie nationale. Le virus de la sharka, par exemple, s'attaque au genre Prunus, ce qui englobe les pêchers, les pruniers, les abricotiers et les cerisiers. Quelque 65 millions de dollars ont été consacrés aux efforts de détection et d'éradication de ce virus depuis qu'il a été détecté pour la toute première fois au Canada en 2000.^{Note de bas de page 3 Note de bas de page 4}

Afin de protéger les cultures fruitières et autres produits agricoles du virus de la sharka et d'autres maladies pouvant les affecter, le Canada a mis en place des règles phytosanitaires strictes qui régissent l'importation de tous les types de végétaux. Les végétaux provenant de sources étrangères certifiées exemptes de maladie sont acceptés, mais tous les autres doivent faire l'objet de tests de dépistage de maladies avant que leur culture soit autorisée au Canada. Les autorités procèdent également à des contrôles aléatoires sur des végétaux provenant de sources certifiées.

Ces contrôles de dépistage représentent une entreprise de grande envergure. Au laboratoire de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) à Sidney, en Colombie-Britannique, jusqu'à 1 500 échantillons de vignes sont testés annuellement. Anna-Mary Schmidt, chef des contrôles diagnostiques sur la vigne dans ce laboratoire, explique qu'il s'agit d'un processus qui nécessite beaucoup de temps et de ressources.

Les contrôles prennent beaucoup de temps

« Même si nous effectuons des analyses à l'échelle moléculaire, nous procédons également à un grand nombre d'essais sur le terrain, puisqu'il s'agit encore de la méthode de référence pour le dépistage des virus, explique Mme Schmidt. Nous procédons par inoculation, c'est‑à‑dire que des bourgeons prélevés sur des sujets importés sont greffés sur un certain nombre d'échantillons de plantes cultivées dans des laboratoires de terrain. Nous attendons ensuite de voir si les plants inoculés développent les symptômes de la maladie. Il faut parfois jusqu'à trois saisons de culture avant de pouvoir attester qu'une plante est exempte de maladie. Les cultivateurs doivent donc attendre longtemps avant de savoir si le nouveau végétal est propre à la culture au pays. »

Dans une autre zone des laboratoires de l'ACIA à Sidney, le chercheur Mike Rott dirige un projet qui pourrait réduire les délais d'attente à quelques semaines tout au plus. Grâce au soutien financier de l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) pilotée par le gouvernement du Canada, M. Rott étudie comment les capacités de séquençage de nouvelle génération pourraient aider les viticulteurs et les arboriculteurs canadiens à introduire et à améliorer de nouveaux cultivars plus rapidement – et pourraient réduire les coûts des tests d'un facteur pouvant aller jusqu'à 90 %.

Technologies de nouvelle génération

« Les technologies de nouvelle génération éliminent un grand nombre d'étapes, explique M. Rott. Plutôt que de faire des tests de dépistage sur un pathogène à la fois, elles analysent l'acide nucléique — l'ADN, ou dans le cas de la plupart des virus, l'ARN — extrait d'un seul échantillon contenant du matériel varié : tissu végétal, particules de sol, organismes dans l'air, peu importe. Les données obtenues sont ensuite analysées avec des outils de bioinformatique pour produire la signature génétique du matériel analysé, dont tous les virus qui s'y trouvent. »

« Par la suite, poursuit Mike Rott, on peut facilement comparer l'ARN viral détecté par le séquençage de nouvelle génération avec les séquences de génome stockées dans notre base de données pour voir s'il s'agit de celui d'un organisme inoffensif ou nuisible. »

M. Rott explique qu'il faudra un certain temps pour valider entièrement la nouvelle méthode d'essai, ainsi que pour bâtir une base de données de tous les génomes viraux connus, qui est la pierre angulaire du processus d'identification. « Nous travaillons également au développement d'un outil de bioinformatique pour automatiser le plus possible les procédés, afin que les personnes qui effectuent les tests diagnostiques n'aient pas besoin de posséder de connaissances particulières en génomique. »

Collaboration internationale

Mike Rott collabore avec Ken Eastwell, un spécialiste en phytopathologie de la Washington State University, à un protocole pour valider leurs méthodes de test respectives, un pas vers une plus grande harmonisation entre les normes canadiennes et américaines.

« Même si nos deux laboratoires utilisent des technologies de séquençage de nouvelle génération, nos équipements et nos méthodes varient à certains égards, explique M. Eastwell. Par contre, si nous parvenons aux mêmes résultats pour des tests effectués sur un même échantillon et que nous pouvons reproduire ces résultats à l'aide de tests conventionnels d'usage courant, cela pourrait inciter nos organismes de réglementation nationaux respectifs à reconnaître la validité des deux méthodologies, ce qui serait avantageux pour l'industrie fruitière des deux pays. »

L'IRDG : facteur de progrès

Mike Rott s'apprête à entamer la troisième d'un projet financé grâce à l'IRDG, soutien qui selon lui a été inestimable. « Il est certain que nous aurions un jour mis au point des tests semblables, mais jamais nous n'aurions pu réaliser de tels progrès aussi rapidement sans le soutien de l'IRDG, explique-t-il. Cette aide nous a permis d'accélérer de plusieurs années le processus de conception. »