Valider le remplacement de la surveillance de l’antibiorésistance phénotypique par le séquençage complet du génotype pour Streptococcus pyogenes et Streptococcus agalactiae

Période de financement : 2023-2025
Responsables : Alyssa Golden et Irene Martin
Investissement global de l'IRDG : 290 300 $

La forme envahissante de Streptococcus pyogenes (streptocoque du groupe A) est à l'origine de nombreuses maladies humaines, les plus graves étant la bactériémie, le syndrome du choc toxique streptococcique, la fasciite nécrosante et l'endocardite. Le projet validera une méthode avec laquelle on prévoira aisément la concentration inhibitrice minimale des streptocoques des groupes A et B par séquençage complet du génotype, plutôt que l'analyse du phénotype, comme c'est le cas présentement.

Les objectifs du projet sont les suivants :

• vérifier quantitativement la sensibilité aux antimicrobiens par testage en ligne afin d'obtenir une valeur exacte et précise de la concentration inhibitrice minimale des streptocoques des groupes A et B;
• compléter le séquençage du génotype de ces isolats;
• recourir aux techniques d'apprentissage automatique pour concevoir, développer et vérifier la méthode qui servira à prédire la concentration inhibitrice minimale à partir du séquençage complet du génotype.