Utilisation de la technologie de séquençage Nanopore afin de réduire ou éliminer l'enrichissement coûteux et chronophage en laboratoire
Période de financement : 2022-2025
Responsables : Oliver Lung et Peter Kruczkiewicz
Investissement global de l'IRDG : 112 500 $
Le Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) effectue des tests de diagnostic et de surveillance essentiels pour les maladies animales à haut risque. Étant donné que le CNMAE travaille avec divers agents pathogènes et espèces-hôtes connus et inconnus, le séquençage est devenu crucial pour l'identification et l'analyse des agents pathogènes. Cependant, les protocoles de laboratoire requis pour enrichir l'ADN et l'ARN des virus peuvent ajouter plusieurs jours aux délais de séquençage. Ce projet évaluera et mettra en œuvre une nouvelle technologie d'échantillonnage adaptatif pour les séquenceurs Oxford Nanopore (en anglais seulement) afin d'enrichir les virus sur le séquenceur lui-même tout en réduisant les coûts et la main-d'œuvre et en minimisant les travaux pratiques en laboratoire.
Outil de recherche et procédé
- Scripts pour l'automatisation de la préparation des librairies LSK-114 d'Oxford Nanopore sur le système de manipulation de liquide Hamilton NGS STAR. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan, O. Vernygora
Publications
- Domshy, K.A., Lung, O., Nebroski, M., Kruczkiewicz, P., Ayilara, I., Woods, L.W., Lowe, E., Davies, J.L. (2023). Adenoviral hemorrhagic disease in a farmed elk (Cervus canadensis) in Alberta, Canada. The Canadian Veterinary Journal 64(6): 524-528. (No DOI available)
- Ambagala, A., Goonewardene, K., Kanoa, I.E., Than, T.T., Nguyen, V.T., Lai, T.N.H., Nguyen, T.L., Erdelyan, C.N.G., Robert, E., Tailor, N., Onyilagha, C., Lamboo, L., Handel, K., Nebroski, M., Vernygora, O., Lung, O., Le, V.P. 2024. Characterization of an African Swine Fever Virus Field Isolate from Vietnam with Deletions in the Left Variable Multigene Family Region. Viruses. 16(4) DOI: https://doi.org/10.3390/v16040571 (en anglais seulement)
- Oksana V., Sullivan D., Nielsen O., Huntington, K.B., Rouse, N., Popov, V., Lung, O. 2024. Senecavirus cetus a novel picornavirus isolated from cetaceans represents a major host switching to the marine environment. PREPRINT https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-3900733/v1 (en anglais seulement)
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