Précontrôle avancé des céréales et des oléagineux destinés à l'exportation à l'aide de l'apprentissage automatique pour le séquençage de lectures longues

Période de financement : 2020-2025
Responsable : Guillaume Bilodeau
Investissement global de l'IRDG : 338 500 $

Les exportations canadiennes de céréales, d'oléagineux et d'autres cultures ont dépassé 40 millions de tonnes en 2018, dont environ 16 millions de tonnes de blé, 10 millions de tonnes de canola et 3,7 millions de tonnes de soja (Exportations de grain canadien, 2018). L'ACIA est responsable de certifier que les expéditions sont exemptes de pathogènes précis, conformément aux règlements internationaux sur le commerce. Ne pas détecter les agents pathogènes ciblés présents dans une expédition peut avoir d'importantes répercussions sur l'économie et la réputation du Canada et compromettre l'accès à des marchés importants, s'ils sont détectés par un pays importateur. La technologie de séquençage MinION (Oxford Nanopore) permet de combiner plusieurs échantillons métagénomiques dans un seul cycle de séquençage tout en conservant la même profondeur de séquençage par échantillon que celle nécessaire pour la sensibilité de la détection et la précision de l'identification. Par conséquent, MinION est un outil adapté au précontrôle d'échantillons de grains et de semences effectué en vue de détecter des agents phytopathogènes. Le projet vise à déterminer si la technologie de séquençage MinION est un outil efficace et efficient pour la détection des agents phytopathogènes réglementés dans les céréales, les semences et les oléagineux destinés à l'exportation, comme le blé, le canola et le soja. Les données obtenues dans le cadre du projet fourniront un cadre aux futures méthodes de contrôles utilisées pour la détection précoce d'agents pathogènes nouveaux et émergents.