Période de financement : 2023-2026
Responsable : Oliver Lung
Financement total de l'IRDG : 202 000 $
Le Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) de l'ACIA effectue des analyses de surveillance et de diagnostic essentielles visant les maladies animales lourdes de conséquences. L'Unité de génomique exploite un laboratoire de séquençage unique de niveau de confinement 3 pour identifier et caractériser avec précision les agents pathogènes à risque élevé. Celle-ci a connu une augmentation importante du nombre de demandes de séquençage d'échantillons. Le présent projet vise à améliorer l'efficacité de l'Unité en mettant en œuvre de nouvelles méthodes pour les séquenceurs d'Oxford Nanopore Technologies et d'Illumina qui remplaceront des méthodes coûteuses et désuètes, ce qui simplifiera les opérations, réduira les coûts et améliorera les capacités d'intervention du laboratoire face aux menaces pour la santé des animaux.
Outil/processus de recherche
Scripts pour l'automatisation de la préparation de la bibliothèque Oxford Nanopore LSK-114 avec le système de manipulation des liquides NGS STAR de Hamilton. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan, O. Vernygora
Scripts pour l'automatisation de la préparation de la bibliothèque Nextera XT avec le système de manipulation des liquides NGS STAR de Hamilton. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan, O. Vernygora, M. Fisher, K. Handel
PON pour le séquençage rapide des amplicons du virus de l'influenza aviaire au moyen de GridION d'Oxford Nanopore. Collaborateurs : O. Lung
Panel personnalisé de virus de poissons pour solution de séquençage de prochaine génération SureSelect d'Agilent. Collaborateurs : O. Lung, O. Vernygora
Panel de sondes personnalisé pour enrichissement par capture (virus de poissons) MyBaits. Collaborateurs : O. Lung, O. Vernygora
Panel de sondes personnalisé pour enrichissement par capture (virus autres que ceux transmis par les moustiques) SureSelect d'Agilent. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan
Conception personnalisée de panel de sondes pour enrichissement par capture (virus transmis par les moustiques) SureSelect d'Agilent. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan
Panel de sondes personnalisé pour enrichissement par capture (pan-coronavirus) MyBaits. Collaborateurs : O. Lung, M. Nebroski
Panel d'amorces (pan-coronavirus) pour AmpliSeq d'Illumina. Collaborateurs : O. Lung, M. Nebroski
Conception de panel de sondes personnalisé pour enrichissement par capture (pan-arbovirus) DNA Prep d'Illumina. Collaborateurs : O. Lung, D. Sullivan
Publications
Domshy, K. A., Lung, O., Nebroski, M., Kruczkiewicz, P., Ayilara, I., Woods, L. W., Lowe, E., Davies, J.L. (2023). Adenoviral hemorrhagic disease in a farmed elk (Cervus canadensis) in Alberta, Canada. The Canadian Veterinary Journal 64(6): 524-528. No DOI available
Lung, O., Fisher, M., Nebroski, M., McGregor, G., Schwantje, H., Joseph, T. 2022. Whole-Genome Sequence of Cervid atadenovirus A from the Initial Cases of an Adenovirus Hemorrhagic Disease Epizootic of Black-Tailed Deer in Canada. Microbiology Resource Announcements, [en ligne] 11(10), https://doi.org/10.1128/mra.00662-22
Pickering, B., Lung, O., Maguire, F., Kruczkiewicz, P., Kotwa, J. D., Buchanan, T., Gagnier, M., Guthrie, J.L., Jardine, C.M., Marchand-Austin, A., Massé, A., McClinchey, H., Nirmalarajah, K., Aftanas, P., Blais-Savoie, J., Chee, H. Y., Chien, E., Yim, W., Banete, A., Griffin, B.D., Yip, L., Goolia, M., Suderman, M., Pinette, M., Smith, G., Sullivan, D., Rudar, J., Vernygora, O., Adey, E., Nebroski, M., Goyette, G., Finzi, A., Laroche, G., Ariana, A., Vahkal, B., Côté, M., McGeer, A. J., Nituch, L., Mubareka, S., Bowman, J. (2022). Divergent SARS-CoV-2 variant emerges in white-tailed deer with deer-to-human transmission. Nature Microbiology, [en ligne] 7(12), 2011-2024. https://doi.org/10.1038/s41564-022-01268-9
Sultana, A., Bienzle, D., Weese, S., Pickering, B., Kruczkiewicz, P., Smith, G., Pinette, M., Lung, O. (2024). Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from the initial cases of domestic cat infections in Canada. Microbiology Resource Announcements, [en ligne] 13(4) https://doi.org/10.1128/mra.01295-23
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