Période de financement : 2023-2025
Responsable : Jennifer Tanner
Investissement global de l'IRDG : 250 400 $
Bactérie pathogène endémique dans les cours d'eau partout dans le monde, Legionella pneumophila (Lp) engendre une forme grave de pneumonie appelée « maladie du légionnaire ». Le projet verra l'élaboration et la mise en œuvre d'un flux de tâches qui permettra le sous-typage à haute résolution de la maladie du légionnaire et l'identification des foyers de maladie (éclosions) par analyse computationnelle des données issues du séquençage complet du génome dans les laboratoires de santé publique, partout au Canada.
Le flux de travail sera adapté aux plateformes usuelles de séquençage (Illumina et Nanopore), et les intervenants recevront la formation requise pour son utilisation et sa validation dans divers centres. On mettra aussi au point et validera des méthodes pour extraire automatiquement le matériel génétique de la Lp, de manière à faciliter le traitement d'un volume élevé d'échantillons.
Les résultats directs du projet consisteront en un flux de tâches éprouvé permettant d'établir rapidement le sous-type de la Lp et la concentration des cas. S'y ajoutera une méthode qui accélérera le traitement d'un grand nombre d'isolats de la bactérie en prévision des mesures d'urgence.
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