Évaluation d'une cuve de circulation plus petite et à usage unique pour la détection et l'identification rapides et économiques des virus des fruits de verger à l'aide d'un séquenceur MinION

Période de financement : 2023-2024

Responsable : Harvinder Bennypaul

Fonds total de l'IRDG : 23 500 $

L'ACIA est chargée d'analyser les virus et les maladies semblables aux virus des arbres fruitiers, des vignes et des plants de petits fruits. Habituellement, des analyses sérologiques et moléculaires et des analyses biologiques sur le terrain ont été utilisées pour les essais. Nous avons récemment optimisé un flux de travail reposant sur la plateforme de séquençage MinION d'Oxford Nanopore Technology (ONT), qui donne des résultats équivalents ou meilleurs et est beaucoup plus rapide que le protocole d'essai actuellement utilisé. Afin de réduire le coût par échantillon et d'améliorer la souplesse du laboratoire de diagnostic pour traiter ne serait-ce qu'un seul échantillon, nous avons optimisé la quantité de matériel de séquençage d'entrée pour la cuve de circulation Flongle d'ONT afin d'obtenir des données de séquences maximales à partir d'un test de détection de virus et de viroïdes.