Élaboration de méthodes de séquençage longue lecture par nanopore pour la détermination des priorités environnementales et l'identification microbienne

Période de financement : 2024-2029
Responsable : Derek Smith
Financement total de l'IRDG : 205 374 $

Cette recherche s'appuie sur l'élaboration antérieure de méthodes de séquençage à haut débit du programme Application stratégique de la génomique dans l'environnement (STAGE) pour la détection des agents pathogènes et la caractérisation de la communauté microbienne. Les travaux proposés intègrent de nouvelles approches pour répondre aux priorités de l'approche « Une seule santé », y compris les répercussions des polluants sur les communautés microbiennes et la possibilité de choisir conjointement les agents pathogènes et la résistance aux antimicrobiens (RAM). L'adaptation de technologies de séquençage à longue lecture à un protocole A de capture par sonde à faible coût permet la détection des gènes RAM à l'aide de séquences flanquantes utilisées pour l'identification microbienne. Ces séquences flanquantes peuvent également déterminer la sélection conjointe avec des gènes associés à la pollution. L'élaboration d'approches quasi métagénomiques et métagénomiques améliore également la capacité de caractériser les communautés microbiennes et d'évaluer les impacts environnementaux. Les travaux soutenus par le programme STAGE ne sont pas nécessairement axés sur le genre, les groupes sous-représentés ou les populations vulnérables, mais l'élaboration de capacités et de méthodes de génomique pourrait présenter des avantages pour ces domaines d'intérêt à l'avenir. Par exemple, les personnes ayant des problèmes de santé sous-jacents peuvent être touchées de façon disproportionnée par l'exposition à des agents pathogènes non voulus dans les produits microbiens ainsi que par la dissémination et l'amélioration de RAM.