Élaboration de méthodes moléculaires pour le typage de Mycoplasma genitalium et la prévision de l'antibiorésistance : une nouvelle maladie sexuellement transmise très résistante aux médicaments

Période de financement : 2023-2025
Responsables : Shelley Peterson et Irene Martin
Investissement global de l'IRDG : 438 400 $

Bactérie pathogène très répandue, mais relativement peu connue, Mycoplasma genitalium (Mgen) peut engendrer de nombreux symptômes, allant de l'urétrite à l'atteinte inflammatoire pelvienne, jusqu'à une naissance prématurée ou à l'infertilité chez la femme.

La prévalence globale au Canada n’est pas connue, car il n’y a aucun programme établi de surveillance de M. genitalium et il ne s’agit pas d’une maladie à déclaration obligatoire. Cette situation est particulièrement préoccupante dans les régions éloignées et isolées du nord, où les taux d’infections transmissibles sexuellement sont les plus élevés et l’accès au diagnostic d’une infection à M. genitalium est très limité. Comme la résistance au traitement actuellement recommandé, soit par azithromycine et par moxifloxacine, est courante, lorsque le traitement avec ces deux antimicrobiens échoue, il faut faire une demande d’accès spécial à la pristinamycine, laquelle peut prendre plusieurs mois. Il n’existe aucune donnée sur la sensibilité à la pristinamycine au Canada. Tous les diagnostics de M. genitalium reposent sur l’amplification des acides nucléiques. M. genitalium est difficile à isoler et à mettre en culture in vitro, ce qui rend difficiles les méthodes classiques d’analyse de la résistance phénotypique aux antimicrobiens (RAM).

Pour régler un problème semblable avec Neisseria gonorrhoeae, nous avons mis au point une série d’essais de PCR quantitative afin de détecter les marqueurs moléculaires de la RAM. Le séquençage du génome entier (SGE) de M. genitalium peut fournir des informations vitales pour la prédiction de la RAM et le typage de séquences moléculaires sans avoir à concevoir plusieurs essais. Nous avons déjà réussi à utiliser le SGE pour la prédiction de la RAM et le typage séquentiel de N. gonorrhoeae et Streptococcus pneumoniae. Il n’existe pas de méthode de typage largement utilisée pour différencier les souches de M. genitalium, mais nous avons été invités à collaborer avec la plateforme PubMLST de l’université d’Oxford pour développer davantage leur méthode de typage de M. genitalium. Le typage séquentiel est essentiel pour identifier les souches circulantes et faciliter les enquêtes sur les éclosions et les échecs de traitement. Cette méthode de typage permettra au Canada de contribuer à la surveillance dans le monde.

Les objectifs de la présente proposition sont les suivants :

1. élaborer des méthodes sans mise en culture pour le SGE avec des échantillons d’urine et des écouvillons de M. genitalium dans notre laboratoire;
2. établir et valider les essais évaluant la résistance phénotypique aux antimicrobiens afin d’établir une corrélation entre les CMI du phénotype et les profils génotypiques;
3. utiliser ces données pour créer des algorithmes de prédiction de la RAM de M. genitalium ainsi que de génotypage moléculaire (p. ex., MLST).

Ces approches moléculaires permettront une surveillance accrue sans qu’il soit nécessaire d’isoler et d’analyser le phénotype de M. genitalium. De plus, cette technologie pourrait être appliquée aux analyses de routine et faire du Canada un chef de file mondial dans la surveillance des souches de M. genitalium et la prédiction de la RAM. Les autorités régionales, provinciales ou territoriales et fédérales de la santé publique peuvent utiliser les données pour élaborer les stratégies de lutte et de prévention et éclairer les lignes directrices sur le traitement des infections transmissibles sexuellement partout au Canada, y compris chez les populations vulnérables et marginalisées. Ces données compléteront les efforts de recherche des contacts déployés par la santé publique pour mieux connaître les réseaux sociaux et concevoir des interventions visant à réduire le nombre d’infections.