Élaboration d'une base de données génomiques sur le séquençage par nanopores pour les inspections sur la salubrité des aliments (troisième partie du projet pilote – Staphylococcus aureus)

Période de financement : 2022-2025
Responsables : Oliver Lung et Peter Kruczkiewicz
Investissement global de l'IRDG : 117 000 $

Le Centre national des maladies animales exotiques  de l'Agence canadienne d'inspection des aliments a notamment pour mission d'élaborer et d'effectuer des tests de diagnostic, d'exercer une surveillance et d'offrir des conseils scientifiques sur les zoonoses transfrontalières, émergentes et réémergentes, lourdes de conséquences. Pour l'instant, le séquençage à haut débit (SHD) est la seule méthode disponible qui permet d'identifier avec précision et sans équivoque les agents pathogènes connus, nouveaux ou inattendus, ainsi que d'en établir le génome complet. Cette méthode peut fournir les données à haute résolution nécessaires à l'épidémiologie génomique et à l'identification de la source de l'infection.

Depuis sa mise sur pied, la section de génomique du Centre a vu la demande pour le séquençage à haut débit s'accroître de façon substantielle. Pour élargir et améliorer ses travaux de séquençage, et satisfaire les exigences et les attentes toujours plus grandes associées aux enquêtes actuelles et futures sur la santé des animaux, le Centre doit investir dans le développement et le déploiement de nouvelles techniques et méthodes de SHD.

L'une d'elles, employée avec les séquenceurs d'Oxford Nanopore, est l'échantillonnage adaptatif, qui pourrait réduire sensiblement le coût du SHD et accélérer l'identification des virus connus, nouveaux et inattendus. On y arriverait en diminuant ou en supprimant l'enrichissement en laboratoire, une étape aussi onéreuse que laborieuse.

Le projet consiste à élaborer de nouveaux protocoles d'échantillonnage adaptatif pour le laboratoire et la bio-informatique, ce qui devrait alléger ou éliminer les coûts liés à l'enrichissement par sonde de capture tout en ramenant le délai d'exécution d'une semaine à aussi peu que quelques heures.