Pour favoriser l’accès de l’avoine et des plantules de fraisiers canadiens aux marchés internationaux
Période de financement : 2023-2024
Responsable : Fengcheng Sun
Fonds total de l'IRDG : 8 000 $
Le nématode foliaire (Aphelenchoides fragariae) menace les cultures ornementales et agricoles, en particulier les graines d'avoine et les fraisiers. Des pays comme la Chine et les Bermudes exigent que les exportations soient exemptes de ces parasites. Comme le Canada exporte plus de deux (2) millions de tonnes d'avoine et de plantules de fraises chaque année, les inspections ont grimpé en flèche. Les méthodes de détection actuelles sont lentes en raison d'une taxonomie incomplète. Le présent projet vise à créer une base de données d'ADN à l'aide de séquences du gène de la SSU de l'ADNr pour une détection rapide et exacte des espèces canadiennes du genre Aphelenchoides. Cela permettra d'améliorer l'efficacité du diagnostic, de favoriser la conformité au commerce international et de réduire les délais d'exécution des laboratoires, tout en assurant des exportations exemptes d'organismes nuisibles.
Outil ou procédure de recherche
Conception et validation d'amorces de PCR pour les codes à barres de l'ADN du nématode à feuille dans les tests diagnostiques. Sept (7) amorces de PCR ont été testées sur 18 spécimens de nématodes pour amplifier le tiers de l'extrémité 5' du gène SSU d'environ 1 600 paires de bases, qui contient environ 50 % de la variabilité nucléotidique de l'ensemble du gène. Deux paires d'amorces étaient fiables et donnaient invariablement des quantités précises et raisonnables de produits PCR. Cependant, d'autres combinaisons d'amorces ont souvent omis d'amplifier quoi que ce soit ou ont produit un faible rendement de produits PCR, produits qui étaient insuffisants pour le séquençage de l'ADN. Par conséquent, les deux paires d'amorces ont été validées pour le codage à barres des nématodes à feuille lors de tests diagnostiques.
Ensemble ou base de données
Base de données contenant des séquences du gène SSU d'espèces du genre Aphelenchoides. Une base de données a été créée à l'aide du logiciel Prime DNA de Geneious. Combinés à une feuille de calcul Excel, les séquences d'ADN et les renseignements sur les spécimens, dont l'hôte et l'origine, ont été bien consignés et organisés. Dans l'ensemble, le présent projet de recherche a amélioré l'efficacité et l'exactitude des tests diagnostiques des nématodes à feuille, plus précisément la détection des Aphelenchoides fragariae, afin de contribuer à la certification des exportations de denrées agricoles canadiennes pour l'accès aux marchés internationaux.
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L'Initiative de R-D en génomique
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