Période de financement : 2022-2024
Responsables : Catherine Carrillo et Burton Blais
Investissement global de l'IRDG : 40 000 $
Le projet recourra à une technologie de séquençage de pointe (PoreSippR) pour identifier en temps réel les Escherichia coli vérotoxinogènes (VTEC) et en profiler les risques. On pense que les toxines libérées par les VTEC comptent pour beaucoup dans l'évaluation des risques que posent ces microorganismes. Cependant, les méthodes de séquençage actuelles permettent difficilement de caractériser les toxines en question, car il n'existe pas de base de données exhaustive sur les toxines, et les gènes codant celles-ci se séquencent mal. D'ailleurs, dans une étude internationale récente, aucun des laboratoires participants n'était en mesure de typer les toxines des VTEC à partir des données issues du séquençage complet du génome. Les souches récupérées dans le cadre des programmes d'analyse des aliments de l'Agence canadienne d'inspection des aliments présentent souvent des variants inhabituels des toxines, que les systèmes automatiques classent de façon erronée.
Le projet s'attaquera au problème en créant une base de données publique exhaustive sur les gènes qui codent les vérotoxines et en proposant une méthode rapide de profilage des risques par séquençage à lecture longue (PoreSippR). Le but ultime consiste à garantir la disponibilité d'une méthode qui répondra aux plus vastes besoins de la réglementation canadienne en matière de salubrité des aliments pour ce qui est de la caractérisation des risques que soulèvent les VTEC présents dans les aliments.
Outil de recherche et procédé
- PoreSippR pour l'établissement du profil de risque des E. coli vérotoxinogènes. La méthode PoreSippR exploite la technologie de pointe du séquençage à lecture longue d'Oxford Nanopore pour l'identification en temps réel et l'établissement du profil de risque des E. coli vérotoxinogènes (VTEC). Cette méthode révolutionne la vitesse et la précision de la caractérisation du génome des E. coli vérotoxinogènes à des fins d'évaluation des risques. De la préparation de l'isolat au séquençage Nanopore, l'ensemble du protocole PoreSippR peut fournir la caractérisation souhaitée des souches STEC dans un délai d'environ 8 heures. Cela indique que l'ensemble du flux de travail PoreSippR et la caractérisation des STEC peuvent être réalisés en un jour ouvrable, à des coûts similaires à ceux de la méthodologie actuelle. Cette technique a le potentiel d'être mise en œuvre dans les laboratoires d'analyse des aliments, où elle pourrait remplacer des méthodes comme le CHAS pour la caractérisation rapide des isolats VTEC identifiés dans les programmes d'analyse des aliments.
Ensemble de données et base de données
- Base de données des allèles de la toxine de Shiga (StxDB) : Il s'agit d’une base de données exhaustive sur les toxines Shiga, comprenant tous les variants connus des séquences de nucléotides et de protéines, qui permet de déterminer avec précision les variants des toxines Shiga. Cette base de données a été conçue pour fournir des numéros d'accès à des génomes représentatifs afin de permettre aux utilisatrices et utilisateurs de la base de données d'évaluer la fiabilité des résultats. Collaborateurs : Sarah Clarke, Catherine Carrillo, Burton Blais, Adam Koziol, Noor Shubair, Mathu Malar, Liam Brown, Ashley Cooper et Alex Gill.
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