Amélioration de la méthode d'enrichissement viral à large spectre du CNMAE pour le séquençage à haut débit de virus connus, nouveaux et inattendus

Période de financement : 2023-2027

Responsable : Oliver Lung

Fonds total de l'IRDG : 212 000 $

L'identification rapide et précise des maladies animales exotiques est essentielle à l'intervention d'urgence et au rétablissement. Le Centre national des maladies animales exotiques (CNMAE) de l'ACIA effectue des tests diagnostiques et fournit des conseils scientifiques sur les maladies animales à risques élevés. Bien que le séquençage puisse permettre de détecter et de caractériser ces agents pathogènes, la diversité génétique et la faible abondance des virus cibles peuvent rendre difficile leur séquençage. Le CNMAE utilise actuellement « ViroCap », une méthode coûteuse d'enrichissement de l'ADN et de l'ARN viraux qui sera bientôt désuète. Le présent projet permettra d'élaborer des versions mises à jour et plus abordables de « ViroCap » qui seront prises en compte dans les protocoles normalisés, ce qui renforcera la capacité du CNMAE en matière de préparation aux situations d'urgence et d'enquêtes sur les maladies.

Publications

Oksana V., Sullivan D., Nielsen O., Huntington, K.B., Rouse, N., Popov, V., Lung, O. (2024). Senecavirus cetus a novel picornavirus isolated from cetaceans represents a major host switching to the marine environment. PREPRINT https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-3900733/v1

Sultana, A., Bienzle, D., Weese, S., Pickering, B., Kruczkiewicz, P., Smith, G., Pinette, M., Lung, O. (2024). Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 from the initial cases of domestic cat infections in Canada. Microbiology Resource Announcements, [online] 13(4) https://doi.org/10.1128/mra.01295-23

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