Période de financement : 2024-2027
Responsible : Nicole Smith
Fonds total de l'IRDG : 310 387 $
Une identification précise des espèces et des populations est fondamentale pour une surveillance et une gestion écologiques réussies. Cependant, la similarité morphologique entre les espèces entraîne souvent une identification phénotypique incorrecte sur le terrain. Les techniques génomiques (par exemple, qPCR, séquençage) sont la référence en matière d'identification des espèces, mais ces méthodes sont coûteuses et nécessitent du personnel formé dans un laboratoire, ce qui prend des jours, voire des mois, pour obtenir des résultats, et peuvent donc entraver les décisions de gestion urgentes. Pour permettre aux chercheurs d'identifier rapidement et à moindre coût les espèces sur le terrain, une approche génétique déployable sur le terrain est nécessaire. Les tests génétiques basés sur CRISPR ont le potentiel d'identifier des espèces sur le terrain en raison de leur spécificité et de leur sensibilité diagnostiques rapides. Plus précisément, la plateforme CRISPR SHERLOCK détecte et amplifie une séquence génétique cible (c'est-à-dire spécifique à l'identification) et produit un signal fluorescent, indiquant la présence de la cible. Récemment, cette technologie a été utilisée pour distinguer rapidement trois espèces d'éperlans morphologiquement similaires et des types de montaison de saumon quinnat. Un test d'identification sur le terrain aurait de nombreuses applications potentielles dans la gestion des pêches et de l'aquaculture. Par exemple, des espèces communes de sébastes, Sebastes fasciatus et Sebastes mentella, présentent des caractéristiques morphologiques similaires, ce qui les rend difficiles à distinguer visuellement. Des recherches ont montré que certains saumons atlantiques d'élevage (Salmo salar) échappés ont des ancêtres européens et peuvent menacer la stabilité de la population de saumon sauvage. Par conséquent, l'objectif de ce projet est d'utiliser la technologie CRISPR-SHERLOCK pour développer un test/outil d'identification d'espèces rapide et déployable sur le terrain et démontrer son utilité à travers l'identification des espèces de sébaste et du saumon atlantique européen d'élevage.