Période de financement : 2020-2024
Responsable : Derek Smith
Investissement global de l'IRDG : 125 000 $
Le projet vise à créer des méthodes de séquençage et d'analyse de nouvelle génération pour identifier les agents pathogènes viables présents dans les mélanges/consortiums et dans l'environnement. Les méthodes existantes de séquençage et de biologie moléculaire peinent à identifier les agents pathogènes avec une résolution suffisante pour les distinguer des non pathogènes étroitement liés et ne fournissent pas de données fiables sur la viabilité. Nous proposons de séquencer les molécules d'ARN à courte durée de vie qui ne sont produites activement que dans les cellules viables. Cette méthode de séquençage peut être utilisée pour effectuer un typage précis des organismes grâce à l'identification de plusieurs gènes marqueurs et permet de quantifier l'activité des gènes dans des communautés microbiennes. Elle est axée sur la prévalence et l'activité des facteurs de virulence utilisables dans l'apprentissage automatique pour étayer les évaluations des risques pour l'environnement et la santé.
Publications
- Johnson L, Dufour S, Smith DDN, Manning A, Bulbul A, Binette S, Hamoutene D. 2023. Descriptive analyses of microbial communities in marine sediment microcosms spiked with fish wastes, emamectin benzoate, and oxytetracycline. Ecotoxicology and Environmental Safety. 268:115683. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2023.115683 (en anglais seulement)
- Tisza MJ, Smith DDN, Clark A, Youn JH, Khil P, Dekker JP. 2023. Roving methyltransferases generate a mosaic epigenetic landscape and influence evolution in Bacteroides fragilis group. Nature Communication. 14:4082. https://doi.org/10.1038/s41467-023-39892-6 (en anglais seulement)
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